Con voto de los jueces Borinsky y Hornos, la Sala IV de la Cámara Federal de Casación Penal rechazó las impugnaciones de las partes y confirmó la realización del juicio en Santa Cruz, provincia en la que se desarrolló la investigación. El juez Carbajo, en disidencia, sostuvo la competencia territorial del Tribunal Oral Federal de Mar del Plata.
En la causa están elevados a juicio el contraalmirante Luis Enrique López Mazzeo, el capitán de navío Claudio Villamide, el capitán de navío Héctor Alonso y el capitán de fragata Hugo Miguel Correa, procesados por incumplimiento de los deberes de funcionario público, omisión de deberes del oficio y estrago culposo agravado por el resultado de muerte.
La instrucción tramitó en el Juzgado Federal de Caleta Olivia, a cargo de la jueza Marta Yañez, que elevó la causa al único Tribunal Oral Federal de Santa Cruz, en Río Gallegos, integrado por Mario Reynaldi, Luis Alberto Giménez y Enrique Baronetto.
El querellante Luis Tagliapietra, padre de uno de los marinos fallecidos, pidió el traslado a Buenos Aires o Mar del Plata, argumentando que el hecho ocurrió fuera de la jurisdicción de Caleta Olivia y que la distancia afectaba a las familias de las víctimas. A su planteo adhirieron las defensas de López Mazzeo y Villamide.
El fiscal Julio Zárate también había dictaminado que el juicio debía realizarse en Mar del Plata, último puerto del buque y sede de la flota de submarinos. En cambio, la Defensa Pública Oficial y la abogada Valeria Carreras —en representación de familiares— pidieron mantener la competencia de Santa Cruz.